يتكون الهيكل التنظيمي لجمعية البر الخيرية بالبجادية من خمس وحدات يرأسها مجلس الادارة.
1. الشؤون المالية.
2. الموارد البشرية.
البحث الاجتماعي
الفعاليات والاعلام.
مساندة المستفيدين.
التدريب والجودة.